Sur le bord du Rhin, le narrateur rencontre et épouse Ligeia, une jeune noble d’une grande beauté et aux connaissances immenses. Grande et mince, aux longs cheveux noirs ondulés, aux yeux noirs fendus, il émane d’elle une mystérieuse étrangeté. Ligeia tombe malade et meurt en laissant le narrateur au désespoir.
Il se réfugie dans un ancien couvent anglais, et fait la connaissance d’une autre noble jeune fille, Lady Rowena de Trevanion, blonde aux yeux bleus, belle aussi mais très différente de sa première femme. Il l’épouse sans pouvoir oublier un instant Ligeia. Leur chambre de noce ressemble à une tombe. Lady Rowena est rapidement assaillie d’évènements étranges, surnaturels évoquant une maison hantée. Épuisée par son angoisse, peu soutenue par un mari opiomane qui ne l’aime pas, elle tombe malade et meurt.
Dans la chambre mortuaire, le narrateur se retrouve seul à veiller son épouse défunte. Au milieu de la nuit, de nombreux signes montrent que le cadavre revit puis que la mort le reprend. Terrorisé, il assiste à ces résurrections successives jusqu’à ce qu’au petit matin, le cadavre se lève du lit mortuaire entouré de son suaire. Écartant le drap, il se rend compte qu’il a devant les yeux une jeune femme grande, aux yeux et aux longs cheveux noirs, Ligeia.