Auf Wunsch seines Vaters Jean-Martin Charcot, seines Zeichens ein berühmter Neurologe, wurde Jean-Baptiste Charcot (* 1867) Arzt. Nach dem Tod der Eltern erbte er ein ansehnliches Vermögen und widmete sich fortan seinem Haupt­interesse: dem Meer und der Seefahrt. Charcot absolvierte Reisen nach England, Irland, Island, zu den Shetland-Inseln, den Färöern und Jan Mayen.
Mit seinem Schiff Français unternahm er 1904/1905 eine Antarktis-Expedition, deren wissenschaftliche Ausbeute be­trächtlich war. Etwa 1000 km Küstenlinie wurden kartiert, die wissenschaftlichen Ergebnisse füllten 18 Bände. Unmittelbar nach seiner Rückkehr begann Charcot mit den Planungen für eine zweite Expedition, um der Frage nachzugehen, ob Antarktika ein Kontinent oder nur eine Gruppe eisbedeckter Inseln war. Mit seinem neuen Schiff Pourquoi Pas? hielt er sich von 1908 bis 1910 erneut in der Antarktis auf. Eine im Januar 1910 entdeckte Insel wurde nach dem Vater des Entdeckers Charcot-Insel genannt. Die Ergebnisse dieser Expedition bestätigten Charcots Rang als bedeutender Polarforscher. Die Royal Geographical Society verlieh ihm 1911 die Patrons Medal für seine wissenschaftlichen Arbeiten während beider Antarktisexpeditionen.
Nach seiner zweiten Reise kehrte Charcot nie mehr in die Antarktis zurück, arbeitete aber regelmäßig in den nördlichen Polargebieten. 1912 fuhr er auf der Pourquoi Pas? nach Jan Mayen und studierte die vulkanische Aktivität der Halb­insel Eggøya. In den Nachkriegsjahren unternahm er jährliche wissenschaftliche Schiffsreisen in verschiedene Teile des Atlantiks und widmete sich besonders der Erforschung Ost­grönlands. Im September 1936 geriet er mit der Pourquoi Pas? vor Island in einen schweren Sturm. Das Schiff lief auf den Hnokki-Felsen auf und sank; nur ein junger Steuermann überlebte.