Seit Anbeginn der Zeit kämpfen die Götter des Olymps um die Kontrolle über die Erde und die Göttin Athene steht ihnen mit Hilfe ihrer Saints gegenüber! Als ein neuer Gegner die Bühne betritt, ist die Zukunft der Saints selbst in Gefahr.
Auf seiner Suche nach der Uhr der Apokalypse ist Chronos einen großen Schritt weiter: Dank der Ketten von Andromeda konnte er Prometheus befreien. Der Titan enthüllt, dass das Feuer des Olymp in Blue Graad in der heiligen Höhle von Kitej eingeschlossen ist und nur Athena sie öffnen kann. Nun ist ausgerechnet Saori, die gerade mit ihren Rittern Poseidon besiegt hat, auf dem Weg nach Kitej, um die Urne, in der die Seele des Gottes der Ozeane gefangen ist, zu übergeben. Was alle nicht wissen: Das heilige Feuer ist instabil geworden.