O Mestre e Margarita é um romance satírico de fantasia publicado por sua esposa vinte e seis anos após sua morte, em 1966, que lhe concedeu imortalidade crítica. O livro estava disponível clandestinamente, como samizdat (‘sam’ + ‘izdat’ – ‘autopublicado’, Vladimir Bukovsky o definiu como ‘eu mesmo o crio, edito, censuro, publico, distribuo e [posso] ser preso por isso’), por muitos anos na União Soviética, antes da publicação de uma versão censurada na revista Moskva.  Um manuscrito destruído do Mestre é um elemento importante da trama e, de fato, Bulgakov teve de reescrever o romance de memória depois de queimar o rascunho do manuscrito com suas próprias mãos.
O romance é uma crítica de várias camadas à sociedade soviética em geral e ao seu establishment literário especificamente. Começa com Satanás visitando Moscou nos anos 20 ou 30, participando de uma conversa entre um crítico e um poeta, debatendo atarefadamente a existência de Jesus Cristo e do Diabo.
Em seguida, evolui para uma acusação abrangente da corrupção, da ganância, da estreiteza de espírito e da paranoia generalizada da Rússia Soviética. Proibido, mas amplamente lido, o romance garantiu firmemente o lugar de Bulgakov entre o panteão dos grandes escritores russos.